Sistema de ficheiros ou sistema de arquivos (também conhecida por gestão de ficheiros) é a forma de organização de dados em algum meio de armazenamento de dados em massa frequentemente feito em discos magnéticos. Sabendo interpretar o sistema de arquivos de um determinado disco, o sistema operacional pode descodificar os dados armazenados e lê-los ou gravá-los.
Um sistema de ficheiro é assim: uma forma de criar uma estrutura lógica de acesso a dados numa partição. Sendo assim, também é importante referir que nunca poderá ter dois ou mais tipos de sistemas de ficheiros (formatos) numa mesma partição.
NTFS
Há muitas outras características, que ficam mais ainda visíveis se comparadas ao FAT. A Microsoft vem trabalhando bastante para aperfeiçoar o NTFS, por isso, é de se esperar que novas características sejam implementadas no sistema de arquivos, de acordo com o lançamento de novas versões do Windows.
FAT
A maioria dos drives removíveis (PenDrives, Discos USB, Disquetes) utilizam o FAT12 (Disquete) 16 ou 32 como sistema de arquivos. O FAT é mais adequado a pequenos volumes de disco em comparação ao NTFS, pois minimiza o overhead de controle, ou seja, ele é menos pesado e deixa mais bytes livres para os dados em si.
O FAT32 é mais confiável, pois ele consegue posicionar o directório principal em qualquer lugar do disco. Nos sistemas FAT antigos, havia uma limitação no número de entradas que podiam ser alocadas no directório principal (512 arquivos e/ou pastas). Não há essa limitação no FAT32.
Suporta partições de até 2 TiB, tamanho de arquivos de 4 GiB e o nome dos arquivos passou de 8 para 256 caracteres e superou o antigo limite de 3 caracteres para a extensão, embora este padrão ainda seja largamente utilizado.
Pode mudar o tamanho da partição sem perder dados. Apesar desta capacidade, a Microsoft, não a implementou no FAT32. Para utilizar esta facilidade deve-se usar programas particionadores que conseguem redimensionar uma partição FAT32 inserido este recurso ao sistema de arquivos.